Эта довольно распространенная фамилия напрямую связана со старым русским мужским именем Милютин с ударением на последнем слоге. Имя в живом современном языке не сохранилось, а фамилий предостаточно: Милюков, Милютенко, Милюхин, Милягин, Миляков.
Некоторые исследователи утверждают, что возникновение этих фамилий могло быть связано со словом милый: в древности не была редкостью ситуация, когда родители в имени выражали отношение к новорожденному.
Можно связать возникновение фамилий на Мил – со старыми редкими именами: Милан, Мылен, а также Милий (предположительно попавшее в наш язык из греческого: милия – так называлось племя, населявшее Ликию; близко по звучанию и слово «яблоня»).