Первый раз эта фамилия упоминается в деловых документах во второй половине XV в. Происхождение двоякое. Нецерковное имя Яхонт могли дать любящие родители своему чаду, поскольку в старые времена яхонтом называли драгоценные камни сапфир и рубин. Могли фамилию придумать в среде будущих священнослужителей – там любили присваивать выпускникам семинарий вычурные фамилии. Другим «рассадником» подобных фамилий были домашние театры, где играли крепостные. Так, граф Николай Петрович Шереметев повелел актерам своего театра сменить «плебейские» фамилии на псевдонимы, образованные от названий драгоценных камней. Балерина Шлыкова стала Гранатовой, певица Анна Кучерявикова – Изумрудовой, артистки Чечевицына и Кочердыкова – Яхонтовой и Аметистовой. Случалось, что наследники предпочитали эти фамилии настоящим, и они, так сказать, уходили в вольное плавание.
Нередко «драгоценные» фамилии встречаются и сейчас.