Просторечная форма имени Феофан (от греческого ‘богоявление’) дала жизнь этой фамилии. Фамилия Феофанов тоже существует.
Хотя, возможно, свою роль сыграло прозвище Фофан – так обычно называли человека простоватого, нерасторопного, ни на что путное не годного. Была даже пословица: «Ни от камени меду, ни от Фофана плоду».