У слова покор – составляющей этой фамилии – несколько значений. Первое: ‘послушание, повиновение’; второе: ‘укор, попрек, укоризна’; третье: ‘стыд, срам, поношение, худая слава’: «Отцу-матери бесчестье, роду-племени покор». Значит, и первоначальные носители прозвища Покор, а потом и фамилии были люди разные: и послушные, мягкие, и приносящие страдания родным и близким.
Есть фамилия Покорницын – вроде похожая, а смысл другой, поскольку покорничать означало лицемерно выслуживаться, притворяться рабски послушным, держа при этом камень за пазухой.